Atalanta telah mempunyai beberapa presiden dalam sejarah. Sesetengahnya adalah pemegang utama kelab manakala lain-lain hanyalah presiden kehormat sahaja. Presiden lepas, Ivan Ruggeri yang melepaskan tugasnya kerana diserang strok pada Januri 2008 dan digantikan oleh anak lelakinya, Alessandro yang diumumkan sebagai Presiden Atalanta baru pada September 2008. Bapanyya, tidak mampu menguruskan kelab kerana menghidap strok. Pada Jun 2010, selepas Atalanta tersingkir ke Serie B, Alessandro Ruggeri menjual semua pegangannya ke atas Atalanta kepada Antonio Percassi, yang menjadi Presiden Atalanta baharu sehingga kini.[5]